Фундаментальная проблема экологии — выявление механизмов формирования сообществ и экосистем в различных пространственных и временных масштабах. Решение этой проблемы для конкретных сообществ имеет важное значение для сохранения биологического разнообразия и управления организацией сообществ в нужном для человека направлении.

В.Г. Онипченко более 40 лет исследует состав, структуру и динамику высокогорных растительных сообществ с позиций выявления механизмов их формирования. На примере горных систем Кавказа, Альп, гор Новой Зеландии, Кении и Тибета им выявлен важнейший фактор формирования альфа-разнообразия сообществ (флористической насыщенности) — размер горной системы, который на 97% объясняет варьирования числа видов на локальных площадках. В региональном масштабе локальное разнообразие растений также зависит от площади, занимаемой сообществом в ландшафте.

В.Г. Онипченко открыл и исследовал новые адаптации горных растений, связанные с обитанием в условиях длительного залегания снега. Им показано длительное зимнее развитие корней растений в толще снега и их особая роль в минеральном питании растений. Эти корни поглощали минеральные соединения азота, содержание которого в листьях у таких видов было максимальным среди растений альпийского пояса.

Изучение многолетней динамики (изменения во времени) альпийских сообществ выявило новую закономерность постепенного увеличения участия видов, имеющих экологические оптимумы в более нижних поясах, и снижения участия типичных альпийских растений, что связано с климатическими изменениями последних лет. Это позволяет уверенно прогнозировать изменения состава альпийских сообществ в будущем при различных сценариях изменения климата.

Экспериментальные многолетние исследования изменения высокогорных сообществ под влиянием обогащения почвы элементами минерального питания выявили, что увеличение доступности минеральных соединений азота и фосфора приводит к увеличению надземной биомассы отдельных групп растений, пропорциональному исходному участию этих групп в сложении сообщества. Это также позволяет делать обоснованные прогнозы по влиянию эвтрофикации на изменение структуры сообществ.

Исследования В.Г. Онипченко впервые показали роль различных функциональных признаков растений в формировании современного состава и структуры доминирования альпийских сообществ. На базе количественной оценки вклада отдельных признаков показано преобладание стресс-толерантной стратегии растений и её высокая роль у доминирующих видов. Экспериментально определена роль конкуренции в формировании сообществ с различной продукцией, выявлена наименьшая роль конкуренции в сообществах, имеющих среднюю продуктивность.

Работы профессора В.Г. Онипченко поддержаны многими грантами, широко известны, опубликованы в научных журналах РФ и за рубежом. Общее число ссылок на его исследование превысило 5500, в последние годы ежедневно в среднем около 3 статей из журналов Web of Science (Core Collection) содержат ссылки на его исследования.