В 2009–2013 гг. профессор Фабиола Джанотти занимала должность руководителя крупнейшего международного эксперимента ATLAS, объединяющего физиков 180 организаций, в том числе МГУ имени М.В. Ломоносова, из 40 стран мира и обнаружившего существование бозона Хиггса в 2012 году. В числе других участников этого открытия она удостоена специальной премии фонда Мильнера за ведущую роль в научном проекте, приведшем к открытию бозона Хиггса на Большом адронном коллайдере ЦЕРН.

С 1 января 2016 года профессор Фабиолла Джанотти — генеральный директор ЦЕРН. Она стала первой женщиной на этой должности за всю историю существования ЦЕРН. С 1 января 2021 года она была вторично избрана в этой должности на новый срок, что также является очень редким событием в истории ЦЕРН.

В 2019 году Фабиола Джанотти от имени ЦЕРН подписала новое Соглашение между Правительством Российской Федерации и ЦЕРН о научно-техническом сотрудничестве в области физики высоких энергий и иных сферах взаимного интереса. В июле 2021 года министр науки и высшего образования РФ Валерий Фальков и Фабиола Джанотти подписали Протокол по техническому обслуживанию и эксплуатации детекторов Большого адронного коллайдера.

В настоящее время МГУ имени М.В. Ломоносова силами сотрудников Научно-исследовательского института ядерной физики и отделения ядерной физики физического факультета принимает активное участие в работе крупнейших международных коллабораций CMS, ATLAS и LHCb на Большом адронном коллайдере. Более 30 сотрудников Московского университета являются соавторами ежегодных публикаций этих 3-х коллабораций в количестве более двухсот статей в международных журналах с рейтингом Q1, что даёт заметный вклад в публикационный рейтинг НИИЯФ и физфака, а также Московского университета в целом.